Johan Skytte poliitikauuringute instituudis tehtav teadustöö hõlmab nii politoloogia põhivaldkondi kui ka regiooniuuringuid. Tänu oma geograafilisele paiknemisele ning ajaloolisele kogemusele on Tartu Ülikoolil pikaajaline kompetents nii lääne kui idaregioonide poliitikate ja nendevaheliste seoste uurimisel ning tõlgendamisel. Lisaks keskendub instituudi teadustegevus informatsiooni- ja kommunikatsioonitehnoloogiate kasutuse ja mõju hindamisele – digiajastu demokraatia ning valitsemine, e-valimised, piirideülesed e-teenused. Teadust ja ühiskonda seovad omavahel kokku instituudi tegevus rakendus- ning infotehnoloogia mõju-uuringute valdkonnas.
Johann Skytte poliitikauuringute instituut tegeleb erinevate riigi- ja ühiskonna teemadega. Eelkõige keskendume inimesele. Ühiskonna paremaks ning sügavamaks mõistmiseks on instituudis sotsiaalteaduslike rakendusuuringute keskus (RAKE), Euroopa Liidu ja Venemaa uuringute keskus ning mitmeid huvitavaid akadeemilisi töörühmi, kus mõtestatakse ühiskondlikke muutusi ning otsitakse lahendusi elulistele probleemidele. Professorid, analüütikud ja tudengid otsivad üheskoos vastuseid küsimustele miks, kuidas ja kuhu peaksime edasi liikuma. Instituudis kasutatakse kõige enam märksõna „muutus“. Julgustame, toetame ja väärtustame algatusvõimet, lahenduste otsimist ja uutmoodi mõtlemist. Peame ühtviisi oluliseks nii protsessi kui tulemuslikkust.